1-Založení platby

Nejdříve dochází k založení platby. Zákazník vybere platební metodu (např. platbu kartu) a je přesměrován na platební bránu. Do rozhraní platební brány zadá údaje platební karty – číslo karty, datum platnosti a opíše CVC kód ze zadní strany karty. Platbu pak zákazník potvrdí – zmáčkne tlačítko Zaplatit. Systém GoPay obdrží požadavek na platbu a následně posílá požadavek na schválení platby do autorizačního centra. 
2- Autorizace

Autorizační centrum rozhoduje o (ne)schválení transakce, a to tak, že ověří správnost všech údajů o platební kartě a jejím držiteli, např. zda má zákazník:

povolené internetové platby
dostatek peněz na účtu
číslo karty, ostatní údaje, 3D secure code
3- Vyrovnání platby

Poté, co GoPay obdrží peníze od platícího zákazníka, pošle je obchodníkovi na bankovní účet v rámci vyúčtování. Poté záleží, jakou má obchodník nastavenou frekvenci vyúčtování (denní, týdenní, měsíční). Podle toho pak platby vyplácíme. Když tedy bude nastavená denní frekvence, peníze budou na bankovní účet obchodníka chodit každý den, pokud měsíční, bude to jednou za měsíc.